my %sortiert;
for my $key ( keys %daten ) {
    $sortiert{ $daten{$key}->{'01'} }->{$key} = {
        protokoll => $daten{$key}->{'02'},
        bemerkung => $daten{$key}->{'03'},
    }
}
use Data::Dumper;
print Dumper \%sortiert;