use strict;
use warnings;

# string aus __DATA__ herausholen
my $string = <DATA>;

# die ersten beiden Datenfelder überspringen
$string =~ /(?:[^;]+);(?:[^;]+)/cg;

# hash deklarieren, der die Datenstruktur hält
my %timestamps;

#immer drei Werte aus den String holen
while( $string =~ /([^;]+);([^;]+);([^;]+)/cg ) {
    # und die drei gecaptureten werte in die Datenstruktur bringen
    push @{ $timestamps{$2}->{$1} }, $3;
}

# datenstruktur lesbar ausgeben
use Data::Dumper;
print Dumper \%timestamps;

# alles unter __DATA__ kann man mit dem Filehandle DATA auslesen
__DATA__
Tool;breakpointTime;name1;02.02.2009 02:02:02;2;name1;03.08.2009 10:10:10;10;name1;03.03.2009 03:03:03;3;name1;01.01.2009 01:01:01;1;name1;16.06.2009 10:59:58;0;name2;02.02.2009 02:02:02;2;name2;03.08.2009 10:10:10;10;name2;03.03.2009 03:03:03;3;name2;01.01.2009 01:01:01;1;name2;16.06.2009 10:59:58;0;