use File::Copy;
...
...
while ( my $excel = readdir(EXCELFILES)  )  {
    if ( $excel =~ /xls/ ) {
    extractXLS(....); # produziert ein txt-File in $directory_txt
    }
}

my @filecopy = ("a.txt","b.txt","c.txt","d.txt");
foreach my $file (@filecopy )  {
    # erst starten, wenn extractXLS abgeschlossen ist
    copy($directory_txt.$file,$directory_txtcopy.$file) or die "File cannot copied";
}