my @liste;

# ...

while( my @line=lese_zeilen_von_irgendwo() )
{
  my $zeilendaten=join(',',@zeile);
  push(@liste,[@zeile];
  # oder:
  # push(@liste,\@zeile;
}

# ...

# nun wollen wir nur die Zeilen, die einzigartig sind
my %uniqe=();
# durchlaufe das Array rückwärts
for my $cnt (reverse (0..$#liste))
{
  # ein String generieren der "eindeutig" ist
  my $line=join(',',@{$liste[$cnt]});
  # entferne die Zeile aus dem Array wenn sie schon einmal gefunden wurde
  splice(@liste, $cnt,1) if($uniqe{$line});
  # setze diese Zeile als gefunden;
  $uniqe{$line}++;
}

for(@liste)
{
  print join(', ',@$_)."\n";
}