#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my @data = qw(
1;foo;bar
2;;fuzz
3;bar;foo
);

for my $line ( @data ) {
    # splitte zeile; leere Elemente werden mit '-999.999' aufgefüllt
    my ( $eins, $zwo, $drei ) =
        map { length $_ ? $_ : '-999.999' } 
            split m{;}, $line;

    print "$eins, $zwo, $drei\n";
}

__END__