my $dirname = '/home/user/files';
my @dirs = ($dirname);
sub subdirs {

    my $dname = shift;
    my $entry;

    opendir(DIR, $dname) or die "Kann Verzeichnis $dname nicht oeffnen: $!";
    foreach $entry (readdir(DIR)) { # Verzeichnis oeffnen

        next if $entry =~ /^\.\.?$/; # Die Eintraege ".." (Eltern-Verzeichnis)
                                     # und "." (Das Verzeichnis selbst) ueberspringen

        if(-d "$dname/$entry") { # Wenn der Eintrag ein Verzeichnis ist...

            push(@dirs, "$dname/$entry"); # Abspeichern
            subdirs("$dname/$entry"); # Nun soll dieses Verzeichnis nach Verzeichnissen
                                      # durchsucht werden

        }

    }
    closedir(DIR);
}
subdirs($dirname); # subdir-Funktion aufrufen um Array zu erhalten. 

_Alternativ_ zum Obigen und wesentlich kürzer wäre:
@dirs = grep { -d } glob("$dirname/*");

Nun kann man mit den Unterverzeichnissen arbeiten:
foreach my $subdir (@dirs) {

    opendir(DIR, $subdir) or die "Kann Verzeichnis $subdir nicht oeffnen: $!";
        foreach my $entry (readdir(DIR)) {

            next if $entry !~ /^([a-zA-Z0-9\_\-]+)\.html?$/; # Bsp, um alle HTML-Dateien
                                                             # zu bearbeiten.

            open(FILE, "$subdir/$entry") or die "Kann Datei nicht oeffnen: $!";
            # Mach' nun was mit der Datei
            close(FILE);

        }
    closedir(DIR);

}