@motives = ("GAAG","PO","OHO");  # kann man in so ne liste auch ausdrücke wie G[A-Z]{2}G integrieren?
open (HANDLE, "< nTM.txt");
$sequence = '';
$sequence2 = '';
while(<HANDLE>) 
{
	$line = $_;
	chomp ($line);
	$line2 = $_;
	chomp ($line2);
	if ($line ne '' && $line2 ne '')
	{
	$sequence = $sequence . $line;	
	$sequence2 = $sequence2 . $line2;  # weiß nich,ob das alles benötigt wird...
foreach $motive(@motives) {
foreach $motive2(@motives) {
if ($sequence =~ $motive && $sequence2 =~ $motive2 && $motive ne $motive2) # am besten wäre es,wenn auch Paare gleicher Muster gefunden werden, wenn sie sich auf unterschiedlihen Positionen befinden
{
print "$motive matcht $motive2 \n";  #hier fehlt die Angabe der Zeilen, in der die Muster gefunden werden
print "\n";								#leider wird alles mehrfach gezählt...
}

}}
}
}