open (HANDLE, "< nTM.txt");
while(<HANDLE>) 
{
	my @motives = 
	(
		qr(G[A-Z]{2}G),
		qr(O[A-Z]{1}O),
		qr(P[A-Z]{2}G)
	);
	my %gefunden;
	my $zeilennr;
		while (my $line = <HANDLE>) 
		{
			$zeilennr++;
			for my $re (@motives) 
			{
				push @{$gefunden{$re}},$zeilennr if $line =~ $re;
			} 
		}
		while (my ($k,$v) = each %gefunden) 
		{
			print "$k: ", join(",",@$v),"\n";
		}
}
Jetzt wollte ich das <HANDLE> zur Probe einbauen, aber ich mach mit dem Einlesen der Zeilen wohl einen Fehler...Die Zeilennummer ist stets 1.