#!/usr/bin/perl 

#use strict;
#use warnings;

my @ZeichenDNA;


print "Geben sie den Dateinamen ein:\n";

$DNA_dataname = <STDIN>;
chomp $DNA_dataname;

#Get name

unless (open(DNADATA, $DNA_dataname) ) 
	{
	print "Datei \"$DNA_dataname\" konnte nicht geöffnet werden";
	exit
	}

	$DNA = <DNADATA>;
	close DNADATA;


	chop($DNA);
	$DNA =~s/(>)/_/g;
	$DNA =~s/(\[)/>/g;

	$positionName=index($DNA,">");
	$ZeichenName = substr($DNA,$positionName,);
	chop($ZeichenName);
	
######################################################################

# Get Sequences

unless (open(DNADATA, $DNA_dataname) ) 
	{
	print "Datei \"$DNA_dataname\" konnte nicht geöffnet werden";
	exit
	}

	@DNA = <DNADATA>;
	close DNADATA;

#Hier wird das Array in einen String umgewandelt

$DNAString=join("",@DNA);
$DNAString =~s/(\])/,/g;

		$PositionDNA= index($DNAString,",");
		$Sequence = substr($DNAString,$PositionDNA+4,24);
		push(@ZeichenDNA, $Sequence);


#Die Sequenz wird in die Output.txt geschrieben

my $file = "Output.txt";

unless(open FILE, '>'.$file) {

	die "\nUnable to create $file\n";
	}


print FILE "$ZeichenName\n";
print FILE "@ZeichenDNA\n";

close FILE;