open(my $fh_in, '<', "input.xml") or die "... : $!";
open(my $fh_out, '>', "output.xml") or die "... : $!";

# Produkte, die schon ausgegeben wurden
my %Produkt_nummer_gesehen;

# lese immer einen kompletten Produktdatensatz ein
local $/ = "</Produkt>";

while (my $prod = <$fh_in>) {
  my $pn = extract_produkt_nummer($prod);
  next if $Produkt_nummer_gesehen{$pn}++;
  print $fh_out, $prod;
}