my @dirs = 'Startdir';

while ( @dirs ) {
    my $current = shift @dirs;

    opendir my $dirh, $current or die $!;
    while( ... ) {    # wie bei Dir im Programm
        # . und .. ausschließen

        if ( -d "$current/$entry" ) {
            push @dirs, "$current/$entry";
        }
    }
    closedir $dirh;
}