use warnings;
use strict;

my $file1;
my $file2;
my $in1;
my $in2;
my $datei1;
my $datei2;
my @out1;
my @out2;

print 'Enter ID Sample 1: ';
	$file1 = <STDIN>;	
	chomp($file1);
print 'Enter ID Sample 2: ';
	$file2 = <STDIN>;
 	chomp($file2);

for ($file1){
	open ($in1, "<", $file1) or die "Datei $file1 konnte konnte wnicht gefunden werde!";
 	while (<$in1>) {
    	chomp($_);   
    	my @a  = split(/\t/, $_);
    	push (@out1, "$a[1]\t$a[12]\n");
	}	
	close ($in1);


	open($datei1, ">", "out1.txt");
	foreach (@out1) {
    	print $datei1 $_;
	}

	close($datei1); 
 }
 
for ($file2){
	open ($in2, "<", $file2) or die "Datei $file2 konnte konnte wnicht gefunden werde!";
 	while (<$in2>) {
    	chomp($_);   
    	my @b  = split(/\t/, $_);
    	push (@out2, "$a[1]\t$a[12]\n");
	}	
	close ($in2);

	open ($datei2, ">", "out2.txt");
	foreach (@out2) {
    	print $datei2 $_;
	}

	close($datei1); 
 }

Die erste Datei Out1.txt enthält genau das, was ich haben will, die zweite Datei Out2.txt enthält aber leider nur den letzten Eintrag der ersten Datei (x-mal). 
Woran liegt das denn? Wo liegt der Fehler?