#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Std;

our $opt_f;     # darin landet der Wert der Option -f, 
                 # siehe perldoc Getopt::Std
getopts('f:');  # Optionen auswerten, -f erwartet ein Argument

unless ($opt_f) {
    die "Bitte als \"$0 -f dateiname\" aufrufen!";
}

open ALIGNS, '<', $opt_f or die "kann Datei $opt_f nicht zum Lesen oeffnen: $!";

while (<ALIGNS>) {
    # mach was mit den Zeilen aus der Datei
    # ...
}

close ALIGNS;