#! /usr/bin/perl
# so sollte jedes perl script beginnen; hilft ungemein bei der fehlersuche
use warnings;
use strict;

# Dateinamen immer in einer Variable speichern, dann kann man die in
# fehlermeldungen recyclen
my $file = "pfade.txt";

# bei einem open immer Fehler abfangen:
open (DATEI, "<", $file) or die "Error in opening '$file': $!\n";

# dateiinhalt kann man gleich in ein array einlesen
my @patharray = <DATEI>;

# am ende des arrays stehen jedoch noch zeilenumbrueche; das duerfte 
# wohl dein problem sein
chomp(@patharray);

close(DATEI);

# wenn du den schleifenindex nicht benutzt, warum dann einen verwenden?
# falls doch, finde ich for my $i (0..$#patharray) { besser lesbar
for my $dir (@patharray) { 

  # als file/dirhandles immer grossbuchstaben verwenden ist sicherer und
  # wird auch von warnings nicht angemeckert
  opendir (INVERZ, $dir) or die "Verzeichnis '$dir' nicht gefunden: $!\n";
  # ....
  closedir(INVERZ);