#### Optimale align ####
for ($i=1;$i<=$x;$i++)
{
$z=0;
    for ($j=1;$j<=$y;$j++)
    {
        if ($Hochw eq $LM[$i][$j])
        {
        $Ugabe=$Hochw;
        $q=$j;
        $w=$i;
            for ($k=0;$k<=10000;$k++)
            {
               
 $abbruch=0;

               
 if ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q]-1)
               
 {$qwe=$LM[$w-1][$q]-1;
               
 $align[$z]="-$ySeq[$w-1]|"."1";
               
 $Ugabe=$LM[$w-1][$q];
               
 $z=$z+1;
               
 $w=$w-1;
               
     if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
               
 }
               
 else
               
 {
               
 $abbruch=1;
               
 if  (($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]+2) || ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]-1))
               
 {$o=$o+1;
               
 $align[$z]="$xSeq[$q-1]$ySeq[$w-1]|";
               
 $Ugabe=$LM[$w-1][$q-1];
               
 $z=$z+1;
               
 $q=$q-1;
               
 $w=$w-1;
               
     if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
               
     if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
               
 }else{}
               
 }

               
 if ($Ugabe eq $LM[$w][$q-1]-1)
               
 {
               
 $align[$z]="$xSeq[$q-1]-|"."2";
               
 $Ugabe=$LM[$w][$q-1];
               
 $z=$z+1;
               
 $q=$q-1;
               
     if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
               
 }
               
 else
               
 {

               
 if ($abbruch eq 1){}else{
               
 if  (($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]+2) || ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]-1))
               
 {$o=$o+1;
               
 $align[$z]="$xSeq[$w-1]$ySeq[$q-1]|";
               
 $Ugabe=$LM[$w-1][$q-1];
               
 $z=$z+1;
               
 $q=$q-1;
               
 $w=$w-1;
               
     if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
               
     if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
               
 }else{}}

               
 }


            }
        }
        else{}
    }
}


@weiter=reverse(@align);
foreach $bla(@weiter)
{
print $bla; 
}