@xSeq=("A","A","G","G","C","C","T","T");
@ySeq=("A","C","G","T","A","C","T","T");

$LM[0][0]=0;
$x=@xSeq;
$y=@ySeq;

#### x-Achse mit 0 füllen ####
for ($i=1;$i<=$x;$i++)
{
$LM[$i][0]=0;
}

#### y-Achse mit 0 füllen ####
for ($j=1;$j<=$y;$j++)
{
$LM[0][$j]=0;
print $LM[0][$j];
}


print "\n";

for ($i=1;$i<=$x;$i++)
{
print $ySeq[$i-1]."0";
#### wert ermitteln ####
    for ($j=1;$j<=$y;$j++)
    {
    $a=$j-1;
    $s=$i-1;
    if ($xSeq[$a] eq $ySeq[$s])
        {
        $tauscher[0]=$LM[$i-1][$j-1]+2;
        }
        else
        {
        $tauscher[0]=$LM[$i-1][$j-1]-1;
        }
    $tauscher[1]=$LM[$i-1][$j]-1;
    $tauscher[2]=$LM[$i][$j-1]-1;
    $tauscher[3]=-1000;

#### höchsten wert ermitteln ####
    for ($v=0;$v<3;$v++)
    {
        if ($tauscher[$v] > $tauscher[$v+1])
        {
        $tauscher[$v+1]=$tauscher[$v]
        }
        else{}
    }

#### wert einsetzen ####
    if ($tauscher[$v] > 0)
    {
    $LM[$i][$j]=$tauscher[$v];
    }
    else
    {
    $LM[$i][$j]=0
    }

    print $LM[$i][$j];
    }
print "\n";
}