foreach (@Zeilen) {      # woher kommen diese @Zeilen?
...
     open(DATEI, '< ', 'C:/Beispieldaten/Konfigurationsdaten/20060310.REPOSITORY')
        or die "Konnte Datei nicht öffnen: $!";
    while (<DATEI>) {
        if(/^$zahl1;([^;]+)/){
            push(@array, [ $1, $inhalt ]); # Referenz auf anonymes Array mit $1 und $inhalt landet in @array
            # woher kommt eigentlich $inhalt?
        }
    }
...
}

foreach my $element (@array) {
    print "$element->[0] => $element->[1]\n";
}