use strict;

my @Server = qw(google google google web  gmx );
my @Pfad   = qw(start  start  test   mail sms );
my @Datei  = qw(index  start  login  test send);

my $l      = scalar @Server;

die "unterschiedlich große Arrays" if $l != scalar @Server or
                                       $l != scalar @Pfad   or
                                       $l != scalar @Datei  ;

my %Hash = ( server => {} );

for my $index (0..$l-1) {
     # äußeren Hash-Schlüssel anlegen, Wert ist leeres anonymes Hash:
     $Hash{server}->{$Server[$index]} = {};
     # Pfad als Schlüssel eintragen und leeres anonymes Array als Wert:
     $Hash{server}->{$Server[$index]}->{folder} =
         { $Pfad[$index] => { datei => [ ] } };
}

# inneres Array füllen:
for my $index (0..$l-1) {
     push @{
             $Hash{server}->
                 {$Server[$index]}->
                     {folder}->
                         {$Pfad[$index]}->
                             {datei}
           },
          $Datei[$index];
}

use Data::Dumper;

print Dumper \%Hash;