while( defined (my $line = ) ) {          chomp $line;                              push my @new, $_ if /\bBRIN|SAGEF403\b/;  my @array = (split(/[\t\s\\]/,$line))[0..($columns1)];   foreach (@array) {      s/^\s+/;/g;                            s/\s+$/;/g;                          } # foreach  push(@data,[@array]); } # while  print "new: @new\n"; close (FH);