# Einlesen
open my $in, '<', $filename or die $!;
my $daten = do {local $/; <$in>};
close $in;

# Verarbeiten
tu_was_mit($daten);

# Ausgeben
open my $out, '>', $filename . '.tmp' or die $!;
print $out $daten or die $!;
close $out or die $!;
rename($filename . '.tmp', $filename) or die $!;