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#Defintion der Variablen
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my %Optionen   = (
        'htmlAusgabe' =>  "C:\Perl\Ergebnis.html",
        'pdbaaZiel' =>  "pdbaa",
        'SwissprotQuelle' => "uniprotsprot_clean.fasta",
              );

my $ergebnis = GetOptions(\%Optionen, 'SwissprotQuelle=s', 'pdbaa=s', 'htmlAusgabe=s');

# oeffnen der QuellenDatenbank
open (SEQUENZ, $Optionen->{'SwissprotQuelle'}) or die "Die Datei $Optionen->{'SwissprotQuelle'} kann nicht geoeffnet werden.";

# Define Variables
my $parseparameter = { 
   'accessionNr'     => 0,
   'laenge_query'     => 0, 
   'laenge_match'     => 0, 
   'laenge_alignment'     => 0, 
   'seq_query'         => '', 
   'seq_match'         => '', # in %
   'identität'        => '', # in %
   'similarity'       => 0, 
   'e_value'          => 0, 
   'raw_score'        => 0, 
   'hits'             => '',
   'match'            => '', #link zu PDB
   'query'            => '', }; #Link zu Swissprot

my $Sequenze = { 'anno'       => '',
            'sequenze'   => ''}

#Schleife um nach Human Sequenzes zu selektieren
     #mit Merkparametern um Übersicht zu waren und schreiben in Datei
while (<SEQUENZ>) {
    $line = $_;
    chomp($line);
 
     if ($line =~ /^(>\w*)\|(\w+HUMAN)/) {
        if (defined $Sequenze->{'sequenze'} &&
          defined($Sequenze->{'anno'}))&& {
            if (length($Sequenze->{'sequenze'}) < 150){
              &printblast(); 
               } 
      
      $Sequenze->{'anno'} = $line; # merkt sich den Identifier
      $parseparameter->{'accessionNr'} = $1;
      $Sequenze->{'sequenze'} = " "; #speichert
      } else {
         $Sequenze->{'sequenze'} .= $line; #verbindet die Sequenzen
    }
}
  # we still need to print the last sequenc
  &printblast();
  # close Input File
  close SEQUENZ;

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#blasten
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sub blasten {
system( "blastall -i temp.fasta -d  $Optionen{'pdbaaZiel'} -p blastp -o C:\Perl\blast\Sequenze" .$parseparameter->{'acc'} .'.blastp';   ); #blastall, inputfile auswählen, ZielDB angeben, und Outputfiles angeben
&parseparameter(); 
  };
  
}

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#sub für die Analyse der Sequenzen + herausselektieren der $parseparameter 
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sub Analyse Sequenzen {
 
# Anwendung BioPerl
my $Seq_in = Bio::SearchIO->new  (-format => 'blast',
                                  -file   => 'C:\Perl\blast\Sequenze '.$parseparameter->{'accessionNr'} .'.blastp');
my $ergebnis = $Seq_in->next_ergebnis;

##
#Links
##
  #Pdbaa
 my $AccessionNrQuery = $ergebnis->query_accession;
  $parseparameter->{'laenge_query'} = $ergebnis->query_length;
   $parseparameter->{'match'} = "http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=" .$hit->accession;
 # swissprot
  $parseparameter->{'query'} = "http://www.expasy.org/uniprot/$parseparameter->{'accessionNr'}";
  
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#Restliche Infos
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  my $AccessionNrHit = $ergebnis->hit_accession;
  my $hit = $ergebnis->next_hit;

  if (defined($hit)){ 
   $parseparameter->{'hits'} = 'C:\Perl\blast'.$parseparameter->{'accessionNr'} .'.blastp';
   $parseparameter->{'raw_score'} = $hit->raw_score;
   $parseparameter->{'length_match'} = $hit->length;

  my $hsp = $hit->next_hsp;
  $parseparameter->{'seq_query'} = $hsp->query_string;
  $parseparameter->{'seq_match'} = $hsp->hit_string;
  $parseparameter->{'identitaet'}= substr($hsp->percent_identity, 0, 5); 
  $parseparameter->{'e_value'} = $hsp->evalue;
  $parseparameter->{'laenge_alignment'} =$hsp->length('total'); 
  }

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#Ausgabe in ein .fasta für die sub blasten
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sub printblast {
  open (FH, ">temp.fasta"); #open File mit FileHandler
  print (FH $parseparameter->{'accessionNr'} . "\n" . $Sequenze->{'sequenze'} );
  close FH;

  &blasten();
}