Deine Erklärungsversuche sind nicht sehr erhellend.

Nur mal um das abzuklären.
- Nutzer startet das Script
- ja nach Wunsch (Komandozeilenoption/Eingabeaufforderung) wird eine Netzwerkeinstellung geladen/gespeichert.(oder sind das zwei Scripte?)
- Nutzer soll nach dem speichern einen den Profilnamen/Dateinamen eingeben.
- Script ändert den Namen der Datei.

Kannst du das nicht anders lösen? (Dateinamen setzen, bevor die Datei gespeichert wird?)
Sehe ich es richtig, dass du ein Externes Programm nutzt um das Profil zu laden/speichern?
Kannst du dem Programm nicht direkt den richtigen Dateinamen übergeben?

Wo genau liegt das Problem?
Weißt du nicht wie man eine Eingabeaufforderung programmiert?
Weißt du nicht wie man Variablen an eine Funktion übergibt?
Weißt du nicht wie man abfragt ob eine Datei schon existiert?
Weißt du nicht wie man Dateien kopiert/verschiebt?
Weißt du nicht wie man Dateinamen in einem Verzeichnis einließt?
Weißt du nicht wie man Parameter an ein externes Programm übergibt?

Kannst du etwas Code zeigen? Deine Beschreibungen der Situation sind nicht sehr gut, tut mir leid...