[quote=paidopoieo,02.12.2005, 21:36]Was in Gottes Namen laeuft da falsch..... er legt mir die Files an aber sie sind leer, bei mir geht er in die if bedingung gar nicht rein.....gleich else zweig...[/quote]
Hab es eben mal getestet. Bekomme ebenfalls leere Files, was auch logisch scheint baut man ein $rc->next_result ein und fragt das Ergebnis ab, in etwa so

next_result() muesste doch was zurueckliefern, nicht ? :)

Hallo Renee

Ich hab deinen Code getestet, aber es werden wieder nur leere Files angelegt...
Betriebssystem: FC 4 (Fedora 9)
Perl 5.8.6
Bioperl 1.4

mfg
Hubert

Hallo Coax,
die methode next_result liefert folgendes zurueck:

Title : next_result
Usage : my $hit = $searchio->next_result;
Function: Returns the next Result from a search
Returns : Bio::Search::Result::ResultI object
Args : none

mfg

Hubert

@paidpopoieo:
Dessen war ich mir bewusst, war 'ne rhetorische Frage ;) .

Wie du siehst sollte next_member() ein Objekt des Typs 'Bio::Search::Result::Result' zurueck liefern, in meinen Tests war der Rueckgabewert aber 'undefiniert'. Woher die leeren Files resultieren sollten.
D.h. next_members liefert 'undefiniert' als Ergebnis da die Suche keine Ergebnisse ergab (zumindest interpretiere ich das so).

Grusz Christian.

Hallo Coax,
Ich bekomm Resultate, habe das mit der Hand ausprobiert, in meinem Posting vom 2.12 21:36, habe ich den Output gepostet.....da werden die PIDs angegeben, damit kann man die Resultate dann manuell abrufen....

nur leider sind eben die files leer.....
wenn ich die $factory->remove_rid( $rid ); methode auskommentiere, dann wird das eine endlosschleife....bekomm dann auch wieder leere files, jedoch sind ein paar dabei, wo die Daten drinnen stehen, das ist ja das komische was ich nicht verstehe.....

mfg
Hubert\n\n

<!--EDIT|paidopoieo|1133815961-->

In einem Beitrag auf einer Mailingliste habe ich mal gelesen, dass die Ergebnisse von BioPerl-Remoteblast sich von den manuellen Blast-Ergebnissen unterscheiden koennen. Bei dem Problem hier faellt mir nix mehr ein, ausser dass es wirklich keine Ergebnisse gibt!

Hallo Renee,
dankeschoen fuer deine Hilfe, werde es trotzdem weiter versuchen.....die Resultate unterscheiden sich nicht...hab das kontrolliert....stichproben....da kann man natuerlich auch nie sicher sein....

mfg
Hubert

Ich werde nachher auch nochmal drueberlesen...

Hallo Renee,
ich bin gluecklich, es funktioniert, die files sind voll...ich hab nichts geaendert, ausser das ich Bioperl 1.5.1 installiert habe, arbeitete vorher mit Version 1.4
bis auf eine kleinigkeit, was die Parameter betrifft, funktioniert alles..

hey, dankeschoen fuer deine Hilfe

mfg
Hubert