my $suffix = '.JPL';
my $srcdir = $Zeilen[3]."/";
my @dateien = glob($srcdir."*$suffix");

for my $datei(@dateien){
    if(index($datei,"---") == length $srcdir ){ # line 63
        my $length = length $srcdir;
        (my $newname = $datei) =~ s/^.{$length}---/$srcdir/;
        rename ($datei,$newname);
        $datei = $newname;
    }
    my $document;
    &functions(\$document,$datei,\%hash,$srcdir);
    push(@documentlist,$document);
}

#!/usr/bin/perl
# vi:ts=4 sw=4 et:
use strict;
use warnings;

# pfad
my $dir = '/path/to/';

# dateien
my @ff = ( 
    'file.jpl',
    '---file2.jpl',
);

# erstelle ein array mit absol. pfadangaben
my @files = map { $dir . $_ } @ff;

# wie lautet die unerwuenschte prefix?
my $what = '---';

FILE:
for ( @files ) {

    # length nur einmal aufrufen
    my $length = length( $dir );

    # prefix gefunden?
    if ( index( $_, $what ) == $length ) {

        my $new = $_;
        substr( $new, $length, length( $what ), '' );

        if ( rename( $_, $new ) ) {
            $_ = $new;
        }
        else {

            warn "rename( $_, $new ) failed: $!\n";
            # tu was im Fehlerfall
            next FILE;
        }
    }

    # weiterverarbeiten von $_    
    print $_, $/;
}