#!/usr/bin/perl
#use warning;
#use strict;
use CGI qw(:all);
open (IN,"C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/Test") or die "Fehler beim oeffnen";
open (suchdatei,"C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/FASTA1.fasta") or die "FASTA nicht möglich zum öffnen!!" ;
open (OUT,">C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/Peptide.txt") or die "Fehler beim Anlegen der neuen Datei";
print "\nDateien zum kopieren geoeffnet\n";

while (<IN>){
        $i = $_;
        chomp $i;
        if(/Hit\d">([^<\/A> ]*)/)#matcht den string aus dem htm datei,so in der art IOP123234    {
        #print OUT $1."\n";
                $j = $1;
                push(@array,$j);
             }
             }
       while (defined($var=<suchdatei>)){

$var =~ /(>IPI:)([^| .]*)([^>]*)/   ;#meine gesuchte variable steht in $2 da in diesem ausdruck.
    }
} 
close (IN);
close (suchdatei);
close (OUT);
print "\nDateien  geschlossen, Kopiervorgang