Der Beste Perl-Debugger (jedenfalls der am meisten kann) ist der Perleigene.

Du rufst wie folgt auf
perl -d Skriptname.pl

Es gibt zwar noch sogenannte IDE (Entwicklungsumgebungen für Perl) mit eingebautem Debugger, aber die kosten meist Geld oder sind nicht besonders gut zu bedienen.
Siehe auch PerlEditoren