Wie wäre es, wenn du dir selbst mal ein wenig Debug-Code einbaust, damit du siehst, ob die Daten so aussehen, wie du dir das erwartest, ob die Schleife entsprechend durchlaufen wird usw.?
Du kannst auch mal mit dem Perl-Debugger (perldebug) auf dein Programm losgehen und dir Schritt für Schritt ansehen, was es genau so tut...