So wie ich das sehe, musst du sowieso jedes mal, wenn du eine Session lädst überprüfen, ob diese noch gültig ist. Das Aufräumen der Sessions würde ich in ein Zeitfenster legen, in dem dein Server wenig belastet wird.

Hast du dir mal die verfügbaren Perlmodule für Sessions angeschaut? Einen sehr schnellen Eindruck macht auf mich Cache::FastMmap. Wenn du Catalyst verwendest kannst du auch gleich Catalyst::Plugin::Session::FastMmap benutzen.