Möglicherweise hat DProf Probleme beim Rechnen, wenn die Zeit nahe 0 ist. Oder wenn es sich um eine XS-Funktion handelt. Die Reihenfolge in der Top-n-Tabelle sollte aber hinhauen.

Ich habe übrigens bessere Erfahrungen mit Devel::FastProf gemacht. Das macht zeilenbasiertes Profiling und wird im Gegensatz zu DProf noch gepflegt.