1) Also irgendwie habe ich das Gefühl, dass du an einigen Stellen mehrere CGI-Objekte im Code hast.


2) Du bist sicher, dass du immer objektorientiert zugreifst?
Mal greifst du mit $cgi-> auf Parameter etc. zu, mal ohne.
Du solltest doch entscheiden, entweder NUR objektorientiert oder NUR Funktionsorientiert (indem du diese mit use CGI qw( :all ); importierst).

3) Das $filehandle scheint ja nicht definiert zu sein, sonst würde es nicht zu der Fehlermeldung mit binmode kommen.
Änder in deriner upload.cgi mal anstatt:
my $filehandle = $cgi->upload('user_pic');
in
my $filehandle = $cgi->upload('user_pic') or die ("\$filehandle nicht definiert");

Es ist nicht ganz so einfach aus den CGI-Fragmenten, die du postest die Fehlermeldung zuzuordnen.