Das Environment im Cronjob muss nicht dem echten Environment des entsprechenden Users entsprechen. Von daher würde ich dir raten, alle Pfade absolut anzugeben und auch die aufgerufenen Programme mit absolutem Pfad hinzuschreiben. Also statt nur 'mencoder' mal '/usr/bin/mencoder' schreiben.

Diese relativen Pfade zu den einzelnen Dateien sind auch böse. Da sollten absolute Pfade hin, sonst hast du da immer Ärger.

Alternativ kann man in einer User-Crontab auch angeben, welche Pfade gesetzt sein sollen. Schau dir mal an!