Die "Verknüpfung" mit Komma ist keine Stringkonkatenation, sondern eine Liste. print kann mehr als ein Argument übergeben bekommen. Noch ein Beispiel mit dem Komma:

my @array = (1,2,3,4);

Da hast Du auch 4 einzelne Elemente und nicht "1234".

Bei print @arr."\n" wird das @arr durch die Stringkonkatenation in einen "Skalaren Kontext" gezwungen. Und der Skalare Kontext eines Arrays liefert die Anzahl der Elemente. Die "6" zeigt Dir also an, dass in dem Array 6 Elemente enthalten sind.