man kann auch mehr als eine CSS-Datei einbinden...

Aber ich glaube wir meinen mit "Template" etwas unterschiedliches... Ich meine mit Template eine einzelne Datei und nicht alle Template-Dateien... Oder meinst Du das gleiche wie ich?

Ich kann mir nicht vorstellen, welchen Sinn es macht, für jede einzelnes Template, ein Verzeichnis mit Bildern und JS zu erstellen. Für jede "Template-Gruppe" (oder wie auch immer man das bezeichnet) macht es da schon eher Sinn. Aber auch dann würde ich die Template-Dateien in ein Verzeichnis speichern, das nicht von außen erreichbar ist. Und dann würde ich korrespondierende Verzeichnisnamen nehmen.
Z.B. /files/templates/kunde_mueller und /html/kunde_mueller/css + /html/kunde_mueller/js