Also, ich habe 4 Verzeichnisse Pro Projekt in meinem Webserver:
/cgi-bin/Projekt/Skripten...
/htdocs/Projekt/HTML...
/htdocs/grafiken/Projekt/Bilder...
/htdocs/css/Projekt/CSS...

Da ich das für jedes Projekt so gemacht habe, und das sind mittlerweile ganz schön viele komme ich damit gut klar.

Besser gefällt es mir natürlich, ein eigenes Verzeichnis aufzusetzen, in dem dann alles drin ist und welches als virtual host angesteuert wird. Aber da ich das bei den meisten Webseiten-Anbietern nicht machen kann, und im Endeffekt doch wieder in jedem Verzeichnis die oben genannte STruktur aufbauen müsste habe ich das gelassen.