Also wenn du das Perl-Skript optimieren willst: erst mal profilen, damit du weisst, an welchen Stellen es sich lohnt anzusetzen.
Falls die Datenbank das Bottleneck ist: Indizes überprüfen, die Queries mal mit EXPLAIN anzeigen lassen etc.

Ansonsten hört sich das mit dem Lock-File auch ganz vernünftig an, du solltest nur sicherstellen, dass dein System nicht komplett zu funktionieren aufhört wenn die aus Versehen mal nicht gelöscht wird.