ekos+2008-07-29 09:00:52--

while ($file = readdir(DH){
$infile = "$PFAD/$file/dateityp"
open(INFILE,"<$infile");
@datei = <INFILE>;
push(@daten,\@datei);
}

unbedingt use strict benutzen.
und das nächste mal darfst du auch gerne code-tags um deinen code herumschreiben
(siehe faq in meiner signatur).
der fehler ist einfach:
du füllst eine globale variable @datei mit dem inhalt der datei.
diese referenz pushst du nun in @daten.
im nächsten schleifendurchlauf füllst du *dieselbe* globale variable @datei. d.h.
die vorherige referenz, die du in @daten hast, wird auch umgeändert.
bei sowas immer mit my() initialisieren. mehr dazu in dem link zu strict.