Datenbanken machen da Sinn, wo man Daten abgleichen will. Das ist bei Dateien nicht so einfach, da man dafür mutiple Dateizugriffe braucht, das alles zeit braucht. Will man Daten einfach nur ablegen und später wieder abrufen / modifizieren, so ist das Dateisystem die beste Wahl, da es genau dafür konzipiert ist ( wobei ich mir da unter Windows nicht immer so sicher bin ;-) )

Es ist unsinnig eine Konfigurationsdatei in eine Datenbank zu schreiben. (schwer zu lesen und zu editieren) Es ist aber sinnvoll die Konfigurationswerte in eine zu schreiben um gleich testen zu können, ob die Einstellungen sinnvoll sind (Gültigkeitsbereiche, Abhängigkeiten, etc.), immer vorausgesetzt die Konfiguration ist hinreichend komplex.