ojeh, ich kann dir gerade mangels Perl keinen funktionierenden Code posten aber ich würds an deiner Stelle nicht so umständlich machen.

1. Lege ein AoA @zeilen also ein Array von Arrays der Zeilen mit Ausnahme der ersten Zeile an.
2. Jeweils 2 Einträge pro Zeile, der erste ist die komplette gelesene Zeile, der zwote das Element nachdem sortiert werden soll.
3. dann sortierst du @sorted= sort { $a->[1] <=> $b->[1]} @zeilen
4. Erste Zeile ausgeben, dann den sortierten Rest von @sorted, d.h.
for my $zeile (@sorted) {print $zeile->[0]}

wie sort funktioniert zeigt dir perldoc -f sort oder ne googlesuche perldoc sort

EDIT: derefrenzierung korrigiert. @sorted eingeführt