Auf ein einzelnes Arrayelement greift man mit $arrayname[$index] zu. Da der Rückgabewert ein einzelnes Element (ein Skalar) ist, ändert sich das "@" in ein "$".

Das Gegenteil von =~ ist !~.

Mit [999] gibst Du eine Zeichenklasse an (siehe auch perldoc perlretut). Damit würde man überprüfen, ob die Zeile ein Zeichen aus der Zeichenklasse mit den Zeichen 9,9 und 9 enthält.

Bitte verwende use strict und use warnings.