Hab mal etwas rumprobiert und das Problem ist ganz klar.

Jetzt steht ja in $files nicht mehr nur der Name der Datei sondern der gesamte Pfad mit Datei

Also z.b. Ordner/test1.txt oder Ordner/Unterordner/test2.txt und so weiter.

Damit copy jetzt richtig funktioniert müsste in $quelle der Pfad stehen und in $files der Dateiname. Also müsste man jetzt das was in $files steht in den Pfad und in den Dateinamen aufsplitten. Aber wie soll das gehen wenn der Pfad immer anders sein kann?