Wie schon gesagt. Ich kann nur Ratschläge geben, die Entscheidungen liegen bei dir.

Zurück zu der langen Zeile.
Könntest du das "read_ ....whatever" so anpassen dass es nur die Daten liefert die angefordert werden?
Etwas in der Art:

Das würde an einigen Stellen sicher "Platz" sparen, in mehrfacher Hinsicht.

Das Zerstückeln des Scriptes macht nur begrenzt Sinn, da im Extremfall jedes mal ein neuer Interpreter gestartet werden muss, das kann bei kleinen Scripten die Zeit zum Parsen des Scriptes bei weitem übersteigen. Selbst wenn man "mod_perl" in Apache nutzt, machen große Scripte mehr Sinn. Dazu kommt dann, dass man viel Code dublizieren muss. (einbinden von Modulen z.B.) Da schleichn sich leicht Fehler ein.

Dein Argument, der schlechten Editierbarkeit, einer Datenbank, ist nur begrenzt richtig.
Du könntest, z.B. die Dateien als Referenzen behalten und überwachen, ob sie sich ändern. Bei einer Änderung lädst du die Daten erneut in die Datenbank. Bei Änderungen in der Datenbank würde die Dateien neu geschrieben. Das könnte ein unabhängiges Script machen. Damit blieben die Daten in den Dateien und der Datenbank Synchron, du könntest aber die Vorteile einer DB nutzen.
Weiterhin wären die Daten doppelt gesichert. Bei einer Beschädigten Datei könnte man sie aus der DB wieder herstellen. Bei Einem Fehler in der DB, wäre es ein leichtes ein Backup aus der Datei ein zu spielen.