Ich glaube zu wissen was er meint:

"Programm-Eigenheiten": kleine Unterschiede in der (Perl-)Syntax machen mitunter einen großen Unterschied im Ergebnis. Z.B. beurteilt Perl Wörter auch aus dem Kontext heraus. (Das meine ich jetzt nicht wertend, sondern nur beschreibend.)
Oder bei Perl's RegEx. Anders ist z.B. Basic.

Und beim Bearbeiten von HTML-Templates mittels WYSIWYG-HTML-Editoren kann natürlich ein HTML-Template geschrottet werden. Gebräuchliche Online-Editoren übersetzen beim read von Platte auf Bildschirm. Und beim write übersetzen sie wieder zurück. Da können dem Editor unbekannte Tags bzw. unsichtbare Kommentare <!-- TMPL_LOOP NAME=SCHLEIFCHEN --> natürlich verschwinden. (Der Ansatz, HTML-Templates als Ganzes mittels solcher Editoren editieren zu wollen ist falsch.)

Ich selbst bin übrigens ziemlich Fan von Templates, auch wenn letztere m.E. kein Allheilmittel sind. Auctioneer drückt sich m.E. etwas arg schwammig-unpräzise und unvollständig aus, und mit (falschen) Annahmen durchsetzt. Ich glaube Auctioneer schießt sich mittel-/langfristig ein Eigentor wenn er nicht schon jetzt auf gute Wartbarkeit seiner Skripte achtet.