Oh man....

Irgendwo werden doch vom Wiki oder dem Apachen die Links generiert oder? Am ehesten wird es durch das Wiki passieren und dieses muss ja wissen, wie z.B. die IP oder der Name deines Servers ist. Also wird es das Wiki irgendwo speichern. Nachdem du die IP in den Dateien nicht gefunden hast, wirds wohl in der Datenbank sein.
Also dort mal nach einer Tabelle suchen, die config oder settings oder sowas heisst und dann dort nach entsprechenden Eintraegen.

Mehr kann ich dir im Moment nicht helfen, da ich weder deine Server kenne noch vom Media Wiki irgendwie Ahnung habe...