exit beendet nicht das Terminal, sondern die Shell (unter Linux meist bash). Wenn in dem Terminal nur die Shell lief, beendet sich damit auch das Terminal. In Deinem Fall wird aber eine Shell von Perl ausgeführt (mittels system)... [ok, eigentlich ist es komplizierter wegen Optimierungen]. Diese Shell zu beenden bringt überhaupt nichts. Sie würde sich eh beenden, sobald sie den Befehl ausgeführt hat.

Versuch mal system('fuser -15 -k `tty`'); -- Naja, eine etwas unelegante Lösung, aber wenn Du verstehst, was sie tut, findest Du vielleicht eine schönere :)