Du wirfst hier zwei Dinge durcheinander. Das eine ist, Perl per mod_perl auszuführen, was du anscheinend machst.
Das andere ist, dass dein Script als CGI-Script läuft. Das ist der Fall, wenn du es in cgi-bin ablegst, bzw. für das entsprechende Verzeichnis im Apache ExecCGI aktivierst.
Bei zweiterem wird für jeden Aufruf des Scripts extra ein Perl-Interpreter gestartet.