Generell ist der Sinn eines eigenen Ordners für CGI-Skripte der, dass man eine klarere konzeptionelle Trennung zwischen serverseitig auszuführenden Programmen und direkt auszuliefernden Daten hat, was die korrekte Konfiguration des Webservers und der Zugriffsrechte ein wenig erleichtern kann.

Da ich noch niemals eine fertige lampp-Installation unbesehen verwendet habe, sondern mir meine Apache-Installationen noch immer von Hand konfiguriert habe, weiss ich nicht, wie die Standardeinstellungen auf Deinem System aussehen könnten und wie das Skript jetzt vom Server gestartet wird.