#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my @files_to_read = @ARGV;

# vorher initalisieren ist besser
my @values;

foreach my $filename (@files_to_read)
{
  #Einlesen und Speichern der Datenfiles
  open (FILETOREAD, '<', $filename) || die "Can't open $filename: $!";

  # read each line of file, one at a time
  while (my $line = <FILETOREAD>)
  {
    
    chomp($line);

    if ($line=~/^\#/){ next } #Kommentarzeilen im .csv-file überspringen

    $line=~s/\s+//g;

    # das reicht völlig aus
    # so hängst du an das Array @values
    # eine Arrayrefenzen mit den den gesplitteten Werten an
    # das ist ein Array of Arrays
    push(@values, [split(/\,/,$line)]);

  }
  close(FILETOREAD);
}

# mal alles ausgeben
print join(', ', @$_)."\n" for(@values);