Wenn man Activestate Perl und Strawberry Perl einfach parallel installiert kann das zu Problemen führen weil dann beide Interpreter im Pfad stehen aber den selben namen haben. Im Zweifel weiß man dann nicht unbedingt, welcher ausgeführt wird, wenn man auf der Kommandozeile "perl" eingibt.
Als Alternative gibt es aber auch ein "Portables" Strawberry Perl, welches man einfach irgendwo in ein Verzeichnis entpacken kann und den Rest des Systems nicht weiter stört.

Ich persönlich mag Strawberry Perl lieber, da es sich um eine von den Open Source Entwicklern erstellte und supportete Version von Perl für Windows handelt, die sich möglichst genau so verhält wie Perl auf anderen Betriebssystemen. Activestate Perl ist hingegen von einer Firma (Active State) erstellt und hat z.b. keinen out-of-the-box Support für selbstcompilierte Module.