Verschiedene System verwenden verschiedene Zeichen, um das Zeilenende anzuzeigen:
Linux/Unix: \n
Dos/Windows: \r\n
Mac: \r

Wenn du also eine DOS-Datei 1:1 auf einen Linux-Rechner kopierst, liest der Zeilenweise ein, dann wird \n entfernt. Es bleibt dann aber immer noch das \r am Zeilenende stehen und das macht meist Probleme.
Wenn du Dateien per FTP kopierst, wird das z.B. im ASCII-Modus von FTP korrigiert. Deshalb muss man Binärdateien da immer speziell übertragen (was aber meist der Client automatisch macht).

Umstellen kann mans mit dem Editor seiner Wahl oder z.B. mit Tools wie dos2unix.