wenn du mod_perl benutzt (solltest du immer dazusagen), dann solltest du dein skript sowieso anders schreiben. ich würde soviel wie möglich in ein modul auslagern.
unter ModPerl::Registry wird der code des skripts von einer äusseren subroutine umklammert, und darin sollten der sauberkeit halber keine inneren subroutinen vorkommen. mod_perl nimmt also dein skript und schreibt im prinzip nur drumherum.

ansonsten ist hinzuzufügen, dass zwar das skript nur einmal kompiliert, aber der code doch jedesmal ausgeführt wird.

ich würde empfehlen, wenn möglich "richtige" modperl handler zu benutzen, dann hast du mehr einfluss darauf, was in der handler-sub landet was aussen.